统计数据显示，2012年我国全社会研究与实验发展(R&D)经费投入首次突破1万亿元大关，跻身世界前三，在新兴发展国家中居领先地位。然而，中国全球创新指数的排名却在30名以外。巨额科研经费是否都用到了刀刃上成为代表委员关注的焦点。
记者梳理审计机关对国家各部委、各省份预算执行和其他财政收支情况发布的数百份年度审计报告，发现涉及“问题科研经费”，“扩大用途”“挤占挪用”已成普遍现象。
全国人大代表、东岳集团研究院首席科学家张永明说，我们现在的科研经费不是少了，而是太多、太好拿了，常常令国外同行羡慕。但这些资金使用过程中的“跑冒滴漏”问题严重，科研经费成了“唐僧肉”，人人都想咬一口，“吃喝拉撒睡”都能从科研经费中挤占解决。
还有代表委员指出，目前科研经费的分配也存在着“有人跑钱苦，有人花钱愁”的问题，大量科研经费过于集中到少数有“名号”的科技人员身上，更多普通科技人员缺乏经费的状况没有根本改变，由此造成争戴各种“人才帽子”和跑项目、争评奖的浮躁现象屡禁不绝。
全国政协委员、中科院院士姚檀栋说，现在科技项目和经费等资源分配仍以政府配置为主，这种以行政为主导的科技资源分配方式往往造成政府花了钱而收效不大。如何发挥市场配置科技资源的决定性作用，让创新活力迸发是个新课题。
高抒建议，改变“钱随项目走”的经费分配方式，增加科研机构的投入，通过科学的绩效评价让每位研究人员获得相应的科研经费，通过产业成果转化获得收入。对于政府科研资金使用应按照公开透明的要求，在阳光下晒一晒，提高使用效率。